En la época Prehispánica Ayapel fue uno de los asentamientos más importantes en el Valle del San Jorge, formaba parte del legendario Zenú y era capital político-administrativa y comercial de la provincia del Panzenú.
El desarrollo de la agricultura fue posible gracias a una de las obras más portentosas emprendida en las culturas precolombinas: la adecuación de más de 500 mil hectáreas de terrenos inundables en la cuenca media y baja del río San Jorge, mediante la construcción de un eficiente sistema de drenaje en gran escala, basado en camellones y canales dispuestos en múltiples formas. Pero esta prosperidad y abundancia decayó por causas aún desconocidas. La población disminuyó. Sin embargo, en 1534 cuando Alonso de Heredia, comandando una expedición española, incursionó en la región de Ayapel y encontró todavía vestigios de ese florecimiento, bajo la jurisdicción de un gran señor y cacique llamado Yapé o Yapel. La sede de su gobierno era un poblado situado en un brazo del río San Jorge, a un día de camino, al que denominaron Pueblo Grande. Estaba diseñado con calles rectas, plazas, casas limpias y bien construidas, rodeadas de campos y jardines extensos. Fue saqueado y destruido, y gran parte de sus habitantes masacrados. Los sobrevivientes se refugiaron en los humedales del complejo de ciénagas a organizar la resistencia, reconquista y reconstrucción del poblado.
En 1570, Juan de Rodas Carvajal, gobernador de Santa Fe de Antioquia, reorganizó la población erigiéndola en Villa con el nombre de San Jerónimo del Monte, ubicada en la cabecera del río San Jorge y dedicada a la explotación del oro. En 1584 la trasladan a orillas de la ciénaga y la denominan Villa de San Jerónimo de Ayapel, donde se encuentra actualmente.
Retorna como Distrito del departamento de Magangué en 1886. En 1905 adquiere la categoría de municipio del departamento de Bolívar y en 1951 la Ley 9a de Creación del departamento de Córdoba lo incluye como municipio de este ente territorial.'Tomado de Anotaciones críticas sobre la historia de Ayapel. Roger Serpa Espinosa.