Pesca:
Las grandes reservas acuíferas convirtieron a Ayapel en uno de los principales centros comercializadores de pescado en la región, pero en los últimos años la merma sensible del recurso pesquero se debe al uso de aparejos de pesca prohibidos, a las capturas incontroladas violando los tamaños, las épocas y sitios de veda; el uso de dinamita, la contaminación de la ciénaga y las corrientes fluviales con el vertimiento de aguas residuales y de mercurio en la explotación de oro.Agricultura:
La agricultura es la base de la economía, gracias a la fertilidad de sus tierras, dedicadas a los cultivos de arroz secano, yuca, plátano, caña de azúcar, ajonjolí, fríjol, cacao, ñame, verduras y frutales. Hay un importante programa frutícola con la siembra de variedades de mango, importados de Tahití (Tommy, Alkins, Vandike, Kent y Keitty).Ganadería:
Ayapel cuenta con un área de 144.339 hectáreas que están cubiertas de pastos. La actividad de los hatos ganaderos es la cría, levante y ceba de ganado vacuno; la producción de leche, queso y suero es relativamente baja y sin ninguna tecnificación.
Se explota el oro de aluvión, de excelente calidad, y la plata. Existen en su subsuelo promisorios yacimientos de níquel, cobalto, hidrocarburo y cromo.