El territorio en su mayor parte es plano y cenagoso, y en su mayoría está por explorar. En su jurisdicción se encuentran las ciénagas de Ayapel, la mayor reserva hidrobiológica de Córdoba con 40.000 hectáreas, que cuenta con un hermoso entorno natural, rica en flora y fauna, donde se practican deportes náuticos como Sky naútico, Jet sky, Canoas, Bote y Pesca, existiendo en sus alrededores confortables y bellas casas de recreo; igualmente es un destacado centro arqueológico.La fauna silvestre que habita en la zona de influencia de la ciénaga de Ayapel es muy importante por su valor ecológico, proteínico, de atracción turística y económica si se practica la zoocría. La presencia de la diversidad de fauna está relacionada con la vegetación de manglar, bosques, rastrojos, matorrales, áreas de inundaciones estacionales y a la existencia de la ciénaga y caños, en donde pueden desplazarse y aprovechar los recursos existentes.
La fauna avícola es la de mayor frecuencia en la zona de influencia de la ciénaga de Ayapel, pues tiene una amplia presencia, distribución y diversidad. Llegan aves migratorias provenientes de países con estaciones: unas son residentes y otras son visitantes ocasionales. Muchas de estas últimas migran localmente, condicionadas por los regímenes de lluvias y por la disponibilidad de alimentos.
En el 2006, la CVS observó en la ciénaga de Ayapel un total de 178 especies de aves de las cuales 47 fueron acuáticas, lo que expresa la disponibilidad de alimento para soportar una comunidad amplia de especies acuáticas en su mayoría pescadoras. En el país hay 112 especies de aves que se encuentran amenazadas de extinción, encontrándose 35 especies en la ciénaga de Ayapel y sólo una de ellas, la Chavarría (Cauma chavaria), está catalogada como vulnerable en el Libro Rojo de Aves de Colombia. Esta especie es considera “casi endémica” de Colombia y se encuentra en las zonas bajas del Caribe colombiano, en los humedales del bajo Atrato, hasta la base oeste de la Sierra Nevada de Santa Marta y valle medio del Magdalena en Bolívar. La mayor amenaza para esta ave es la pérdida de su hábitat, debido al drenaje de humedales para agricultura y ganadería. El programa AICA (Areas importantes para la conservación de las aves) o IBAS por su siglas en inglés (Important Bird Areas) identificó las aves que habitan en esta área de gran valor internacional para su conservación, y las especies amenazadas como la chavarría, las que son representativas o numerosas en los sitios de reproducción y las que llegan de otros países porque migran en determinadas épocas del año.
Las especies ícticas en la ciénaga de Ayapel se han disminuido, encontrándose sólo 12 especies como representativas. Estas especies son: bocachico, comelón, nicurro, bagre rayado, pacora, blanquillo, moncholo, mojarra lora, mojarra amarilla, doncella, chango y viscaina. Las causas de su descenso son la utilización de métodos inadecuados de pesca, la extracción de ejemplares por debajo de la talla establecida por las entidades reguladoras y de control, y la contaminación de las aguas por el vertimiento de aguas negras y de productos agroquímicos.
En la zona de estudio se encuentra una gran variedad de reptiles, los cuales han venido disminuyendo por la caza indiscriminada que persigue su piel y sus huevos, además por la intervención acelerada de su hábitat natural. Entre ellas están: ranas, sapos, morrocoy, hicoteas, babillas, saltarroyo, iguana, lagarto, lobito, lagartija, boa, mapaná, bejuquillo, guardacamino, coral, patoco, montuno, camaleón, salamanqueja y caimán. Entre las especies amenazadas están el caimán (Caiman crocodilus fuscus).
En la zona del complejo de humedales de la ciénaga de Ayapel, se han reportado 74 especies de mamíferos, siendo las más abundantes las especies diurnas como la ardilla (Sciurus granatensis) y el armadillo (Dasypus novemcintus). Mientras que las especies de hábitos nocturnos, y generalmente solitarios, tienen bajos registros. En estado de amenaza se encuentra 22 especies, entre ellas, los primates como la marteja (Aotus lemurinus), el mono marimonda (Ateles belzebuth), el tis-tis (Sguinus oedipus), el mono aullador (Aloutta palliata), el mono cariblanco (Cebus capuchinus), por la destrucción de su hábitat y cacería para el comercio; otras especies como el manatí (Trichechus manatus), el ponche (Hydrochaeris hydrochaerus), por la alteración de su hábitat y la cacería para el comercio; también se encuentra fuertemente amenazada la nutria (Lontra longicaudis), por la pérdida de oferta alimenticia, como resultado de la contaminación de las aguas y la disminución del recurso pesquero (CVS, 2007, pp. 253-254).
Para la conservación y mantenimiento de las especies de la fauna amenazada es necesario que se preserve su hábitat, sus dominios, la productividad del medio, la cadena antrópica, entre otros factores.
En las orillas de la ciénaga de Ayapel y sus caños se conservan algunas especies nativas de árboles que sirven de sombrío al ganado y de cercas en los potreros y en las orillas de los caminos y carreteras. Las especies arbórea que aún se conservan son: el hobo (Spondias mombin), totumo (Crescentia sujete), roble (Tabebuia rosea), polvillo (Tabebuia ochraceae), ceiba (Ceiba pentandra), algarrobo (Hymenaea), naranjito (Crateva tapia), campano (Samanea saman), matarratón (Glicidia sepium), anime (Protium heptaphyllum), ceiba blanca (Hura crepitans), almendro (Terminalia catapa), caracolí (Anacadium excelsium), entre otros.
Las plantas acuáticas son indispensables para la supervivencia de los organismos acuáticos, pues suministran oxígeno, alimento, refugio y nidación a especies acuáticas. Las flotantes como la taruya (Eichornia crassipes) es productora de biomasa, son invasoras y en ocasiones originan islas flotantes. Las sumergidas crecen dentro del agua y son consumidas por peces como el bocachico. La vegetación arraigada emergente se compone de plantas que crecen en aguas poco profundas y proveen alimentos, protección y sitio de reproducción de muchos organismos. Las más representativas de estas últimas son los mangles. Las especies más comunes en la ciénaga de Ayapel son: la taruya o buchón (Eichhornia crassipers), la oreja de mula (Eichhornia azurea), la tripa de pollo (Neptunia oleracea) y la chavarria (Ludwigia helminthotthiza).
Otras ciénaga pequeñas como Las Brisas, Los Bagres, Playa Tendida, Páticos, Los Toros, Caimanera, Parva Danta, Los Cauchos, Cañaguate, La Ceiba, Atascosa, Los Zapales de la Miel y Los Pantanos de los Pájaros.
Las plantas acuáticas son indispensables para la supervivencia de los organismos acuáticos, pues suministran oxígeno, alimento, refugio y nidación a especies acuáticas. Las flotantes como la taruya (Eichornia crassipes) es productora de biomasa, son invasoras y en ocasiones originan islas flotantes. Las sumergidas crecen dentro del agua y son consumidas por peces como el bocachico. La vegetación arraigada emergente se compone de plantas que crecen en aguas poco profundas y proveen alimentos, protección y sitio de reproducción de muchos organismos. Las más representativas de estas últimas son los mangles. Las especies más comunes en la ciénaga de Ayapel son: la taruya o buchón (Eichhornia crassipers), la oreja de mula (Eichhornia azurea), la tripa de pollo (Neptunia oleracea) y la chavarria (Ludwigia helminthotthiza).Otras ciénaga pequeñas como Las Brisas, Los Bagres, Playa Tendida, Páticos, Los Toros, Caimanera, Parva Danta, Los Cauchos, Cañaguate, La Ceiba, Atascosa, Los Zapales de la Miel y Los Pantanos de los Pájaros.
Es una zona que presenta un drenaje moderado entre los cuales se destacan el río San Jorge, los caños, quebradas y arroyos: Monteadero, Zambitos, La Ceiba, Macho, Caño Barro, La Colorada, Las Escobillas y Quebradona, entre otras.